Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu 2026: Quy trình và hồ sơ cần chuẩn bị
Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu là các bước doanh nghiệp phải thực hiện để hàng hóa được phép xuất khỏi hoặc nhập vào lãnh thổ Việt Nam, bao gồm khai báo, nộp hồ sơ, đóng thuế và nhận quyết định thông quan từ cơ quan hải quan. Năm 2026, toàn bộ quy trình được vận hành trên hệ thống khai hải quan điện tử VNACCS/VCIS, doanh nghiệp chủ động nộp tờ khai trực tuyến và chỉ cần đến chi cục khi phát sinh kiểm tra thực tế. Hiểu đúng quy trình và chuẩn bị đúng bộ chứng từ ngay từ đầu giúp doanh nghiệp tránh phát sinh chi phí lưu kho, detention và chậm trễ giao hàng.
Quy trình thông quan từng bước
Một lô hàng xuất khẩu hoặc nhập khẩu cơ bản trải qua 6 bước chính. Thứ tự này áp dụng cho cả hình thức nhập kinh doanh thông thường và nhập sản xuất xuất khẩu, chỉ khác ở mức thuế và điều kiện cụ thể.
Bước 1 — Chuẩn bị hồ sơ trước khi khai báo
Doanh nghiệp (hoặc đơn vị ủy thác xuất nhập khẩu được ủy quyền) thu thập toàn bộ chứng từ liên quan đến lô hàng: hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), danh mục đóng gói (Packing List), vận đơn (Bill of Lading hoặc Airway Bill), chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu áp dụng ưu đãi thuế, và giấy phép chuyên ngành nếu hàng thuộc diện kiểm soát.
Bước 2 — Đăng ký tài khoản và khai tờ khai trên VNACCS
Theo văn bản pháp luật hải quan về VNACCS/VCIS, người khai hải quan khai báo trực tiếp trên hệ thống VNACCS/VCIS bằng chữ ký số; căn cứ thực hiện cần rà soát theo Luật Hải quan 2014 và các văn bản hướng dẫn còn hiệu lực tại thời điểm mở tờ khai. Thông tin khai phải khớp với nội dung trên bộ chứng từ vật lý. Sau khi nộp tờ khai, hệ thống trả mã số tờ khai và phân luồng kiểm tra.
Bước 3 — Phân luồng kiểm tra
Hệ thống VNACCS áp dụng quản lý rủi ro để phân ba luồng:
- Luồng xanh: Khai báo hợp lệ → thông quan ngay, không kiểm tra hồ sơ hay thực tế.
- Luồng vàng: Kiểm tra hồ sơ giấy tại trụ sở chi cục hải quan.
- Luồng đỏ: Kiểm tra thực tế hàng hóa tại kho, cảng hoặc cửa khẩu.
Tỷ lệ luồng đỏ không nên ước lượng cố định cho mọi doanh nghiệp. Việc phân luồng dựa trên quản lý rủi ro, lịch sử tuân thủ, mặt hàng, tuyến vận chuyển và chỉ tiêu nghiệp vụ của cơ quan hải quan; doanh nghiệp cần kiểm tra hướng dẫn hiện hành về quản lý rủi ro, gồm Thông tư 81/2019/TT-BTC hoặc văn bản thay thế nếu có.
Bước 4 — Nộp thuế và phí
Sau khi tờ khai được chấp nhận, doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT (đối với hàng nhập), thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) và lệ phí hải quan. Việc nộp thuế thực hiện qua ngân hàng thương mại kết nối với cổng thông tin thuế hải quan.
Bước 5 — Nhận quyết định thông quan
Hải quan ban hành quyết định cho hàng xuất khẩu ra khỏi cửa khẩu hoặc cho hàng nhập khẩu lưu thông trên thị trường.
Bước 6 — Hậu kiểm (post-clearance audit)
Sau thông quan, hải quan vẫn có quyền kiểm tra lại hồ sơ theo Luật Hải quan 2014 và nhóm văn bản pháp luật hải quan. Riêng nghĩa vụ lưu trữ chứng từ cần đối chiếu Điều 44 Luật Hải quan 2014 và quy định kế toán/thuế liên quan trước khi chốt hồ sơ nội bộ.
Bộ hồ sơ hải quan cần chuẩn bị
Bộ hồ sơ hải quan (hồ sơ hải quan) là tập hợp các chứng từ doanh nghiệp phải nộp hoặc lưu giữ để chứng minh tính hợp pháp và nội dung khai báo của lô hàng. Không có một “đơn” duy nhất — mà là một bộ gồm nhiều loại giấy tờ, mỗi loại phục vụ một mục đích riêng.
| STT | Chứng từ | Vai trò |
|---|---|---|
| 1 | Tờ khai hải quan (bản điện tử trên VNACCS) | Khai báo chính thức với cơ quan hải quan |
| 2 | Hợp đồng mua bán (Sales Contract) | Chứng minh thỏa thuận thương mại |
| 3 | Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) | Xác định giá trị hàng hóa, cơ sở tính thuế |
| 4 | Danh mục đóng gói (Packing List) | Số lượng, trọng lượng, kích thước từng thùng |
| 5 | Vận đơn (B/L, AWB) hoặc lệnh giao hàng | Chứng minh lô hàng đã vận chuyển |
| 6 | Chứng nhận xuất xứ (C/O) | Áp dụng mức thuế ưu đãi theo FTA |
| 7 | Giấy phép / giấy tờ chuyên ngành | Hàng thuộc diện kiểm soát (nếu có) |
| 8 | Chứng nhận kiểm tra chuyên ngành (kiểm dịch, an toàn thực phẩm, tiêu chuẩn) | Đáp ứng quy định kỹ thuật |
| 9 | Tờ khai giá trị (nếu có yêu cầu) | Khai báo giá trị riêng trong một số trường hợp |
Lưu ý: Bộ chứng từ thay đổi tùy loại hàng. Hàng thực phẩm cần thêm giấy xác nhận phù hợp quy chuẩn kỹ thuật. Hàng hóa sử dụng FTA như CPTPP, EVFTA yêu cầu C/O mẫu riêng. Xem hướng dẫn dịch vụ liên quan tại dịch vụ hải quan cho hàng cần kiểm tra chuyên ngành nếu lô hàng thuộc diện kiểm soát.
Khai hải quan điện tử VNACCS/VCIS
Hệ thống VNACCS (Vietnam Automated Cargo and Port Consolidated System) là nền tảng khai báo hải quan điện tử duy nhất tại Việt Nam, được triển khai nationwide từ 2015 theo Quyết định 81/2015/QĐ-TTg. Đến 2026, hệ thống đã nâng cấp nhiều lần, tích hợp quản lý rủi ro tự động và liên thông với các bộ ngành.
Doanh nghiệp cần:
- Đăng ký tài khoản tại Tổng cục Hải quan, chuẩn bị chữ ký số hợp lệ, và đối chiếu thêm thư viện pháp luật xuất nhập khẩu khi có thay đổi biểu mẫu.
- Nhập chính xác mã HS (Hệ thống Phân loại Hàng hóa Harmonized) cho từng mặt hàng. Sai mã HS có thể dẫn đến tính thuế sai và bị truy thu sau hậu kiểm. Ví dụ, máy móc thường cần đối chiếu Chương 84, còn hàng may mặc có thể phải rà Chương 61/62; đây chỉ là ví dụ phân loại ban đầu, không thay thế kết luận pháp lý cho từng mặt hàng.
- Đính kèm tệp chứng từ (hóa đơn, C/O, giấy phép) lên hệ thống khi tờ khai thuộc luồng vàng hoặc đỏ.
Một lỗi thường gặp: khai sai trị giá tính thuế. Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC, trị giá tính thuế phải phản ánh đúng giá thực tế giao dịch, bao gồm chi phí vận chuyển, bảo hiểm đến cửa khẩu nhập. Khai thấp hơn thực tế sẽ bị hải quan yêu cầu bổ sung và có thể bị xử phạt.
Các loại hình xuất nhập khẩu phổ biến và lưu ý riêng
Không phải mọi lô hàng đều xử lý như nhau. Tùy mục đích kinh doanh, doanh nghiệp chọn loại hình khai báo phù hợp:
- Nhập kinh doanh thông thường: Thuế NK áp dụng theo biểu thuế ưu đãi (nếu có FTA) hoặc thuế suất MFN. Hồ sơ tiêu chuẩn.
- Nhập sản xuất xuất khẩu (sản xuất CN): Được miễn thuế NK nguyên liệu, nhưng cam kết phải xuất khẩu thành phẩm trong thời hạn. Quản lý bằng hệ thống quản lý tại chỗ (PC-AEO hoặc hệ thống ERP kết nối hải quan).
- Xuất khẩu hàng hóa mua trong nước: Cần xác nhận nguồn gốc hàng nội địa và tờ khai xuất khẩu.
- Tạm nhập tái xuất (tạm nhập tái xuất): Hàng nhập có thời hạn, phải tái xuất trước khi hết hạn. Phải ký quỹ hoặc bảo lãnh bằng tiền thuế.
- Xử lý tại cảng, kho ngoại quan: Hàng nhập chưa hoàn thành thủ tục, được đưa vào kho chờ xử lý.
Doanh nghiệp mới lần đầu nên cân nhắc sử dụng dịch vụ ủy thác xuất nhập khẩu để bên thứ ba có kinh nghiệm xử lý hồ sơ, tránh sai sót ở bước khai báo.
Chi phí và thời gian thông quan thực tế
Chi phí và thời điểm thông quan phụ thuộc vào phân luồng, độ đủ của bộ hồ sơ, nghĩa vụ thuế và lịch kiểm tra thực tế. Không nên báo một mốc thời gian cố định cho mọi lô hàng; với cùng một mã HS, khác nhà cung cấp hoặc khác cảng đến vẫn có thể phát sinh cách xử lý khác.
Về chi phí ngoài thuế, doanh nghiệp cần tính thêm: phí vận chuyển nội địa, phí lưu container nếu chậm nhận, phí kiểm định hoặc kiểm tra chuyên ngành nếu hàng thuộc diện quản lý, và phí dịch vụ khai báo nếu thuê đại lý. Đây là nhóm chi phí tham khảo từ thực tế xử lý hồ sơ nội bộ SilkRoad; cần xác nhận lại theo hãng tàu, kho bãi, mã HS và điều kiện giao hàng của từng lô.
Nếu doanh nghiệp chưa chắc chắn hàng hóa cần bộ chứng từ nào, hãy gửi SilkRoad thông tin về mặt hàng, thị trường xuất/nhập, mã HS (nếu có) và thời gian dự kiến. Chúng tôi sẽ đề xuất checklist và phương án xử lý phù hợp.
Câu hỏi thường gặp (Cau hoi thuong gap)
Thủ tục hải quan xuất nhập khẩu gồm những bước nào?
Quy trình gồm 6 bước cơ bản: chuẩn bị bộ hồ sơ chứng từ → khai tờ khai trên hệ thống VNACCS/VCIS → phân luồng kiểm tra → nộp thuế và phí → nhận quyết định thông quan → lưu trữ hồ sơ chờ hậu kiểm. Thời điểm hoàn thành phụ thuộc vào phân luồng, lịch kiểm tra và độ khớp của chứng từ.
Khai hải quan điện tử cần những gì?
Doanh nghiệp cần tài khoản đã đăng ký trên VNACCS, chữ ký số hợp lệ, và mã HS chính xác cho từng mặt hàng. Nếu tờ khai thuộc luồng vàng hoặc đỏ, cần đính kèm tệp chứng từ (hóa đơn, C/O, giấy phép) lên hệ thống. Sai sót khi khai có thể dẫn đến bị từ chối thông quan hoặc truy thu thuế sau này.
Lần đầu nhập khẩu nên làm gì để tránh sai sót?
Chuẩn bị bộ chứng từ đầy đủ trước khi khai báo, rà soát mã HS và trị giá tính thuế để tránh phải bổ sung sau. Nếu chưa quen quy trình, nên thuê đơn vị ủy thác xuất nhập khẩu có kinh nghiệm xử lý hồ sơ và nộp tờ khai thay, giúp giảm rủi ro phát sinh chi phí lưu kho hoặc chậm giao hàng.
Nguồn tham khảo: Luật Hải quan 2014; Thông tư 38/2015/TT-BTC, Thông tư 39/2018/TT-BTC; Thông tư 81/2019/TT-BTC về quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan; cổng thông tin Tổng cục Hải quan. Nội dung cần được rà soát theo văn bản còn hiệu lực trước khi đăng hoặc áp dụng cho một lô hàng cụ thể.