Quy trình hải quan được chia thành các bước sau:

1. Đăng ký hợp đồng gia công

Doanh nghiệp phải đăng ký hợp đồng gia công chậm nhất 1 ngày trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên. Hồ sơ bao gồm:

• Hợp đồng gia công và phụ lục (nếu có).
• Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và mã số thuế.
• Bảng đăng ký nguyên liệu, vật tư cho hợp đồng.
• Văn bản giải trình cơ sở sản xuất (đối với doanh nghiệp lần đầu nhận gia công).

2. Nhập khẩu nguyên liệu, vật tư

• Nguyên liệu do bên thuê gia công cung cấp được thực hiện theo loại hình tạm nhập – tái xuất với đầy đủ chứng từ như hợp đồng, hóa đơn, packing list.
• Nếu nguyên liệu nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp cần cung cấp tờ khai xuất khẩu của đối tác trong nước.

3. Sản xuất và kiểm tra định mức

• Định mức nguyên liệu, vật tư tiêu hao phải được đăng ký với hải quan.
• Định mức có thể điều chỉnh nếu có thay đổi trong quá trình sản xuất, nhưng phải giải trình cụ thể.

4. Xuất khẩu sản phẩm gia công

• Thủ tục xuất khẩu sản phẩm gia công thực hiện theo quy định đối với hàng hóa xuất khẩu thương mại.
• Nếu xuất khẩu tại chỗ, cần nộp tờ khai xuất khẩu và các giấy tờ liên quan đến hợp đồng gia công.

5. Thanh khoản hợp đồng gia công

• Sau khi hợp đồng kết thúc, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ thanh khoản trong vòng 45 ngày làm việc.
• Hồ sơ bao gồm: bảng tổng hợp nguyên liệu, sản phẩm xuất khẩu, các tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán tiền công.